查干湖自然保护区水文资源：

 　（1）主要河流

　　a．嫩江

　　嫩江发源于黑龙江省大兴安岭山脉伊勒呼里山，流经黑龙江、内蒙古、吉林三省（自治区），流域面积2970万hm2，河长1370km，下游河道比降在0.04‰～0.1‰之间。嫩江右岸多支流，左岸支流较少，下游洮儿河、霍林河在吉林省境内汇入嫩江。

　　b．霍林河

　　霍林河发源于内蒙古自治区扎鲁特旗后特勒罕山，由西南流向东北，流经霍林郭勒市折向正东，进入科右中旗吐列毛都处与南来的坤都冷河汇合再折向东南，流经白云胡硕、高丽板，流经吉林省通榆县后分为南北两股，分别穿过平齐铁路线桥涵进入大安后又合二为一，水流穿过通让铁路桥涵进入查干湖；当泡子水面增大水量增多时，溢出泡子的水流穿过长白铁路桥涵进入嫩江。霍林河两岸大部分为农牧区，居民点很少，在下游通榆县境内，两岸多波状沙丘，河流穿行于苇塘或沼泽之中，局部河段呈潜流，干涸状态。只有大水年份才能进入到查干湖，所以称霍林河为无尾河。

　　（2）径流

　　查干湖湿地位于吉林省西部半干旱地区，年径流量很少，多年平均径流深在5～10mm左右。年径流深变化趋势为区域中部（霍林河流域和洮儿河流域下游）小于8～10mm，逐渐向两侧增大。年径流变差系数在0.8左右。

    保护区主要水源为引松花江水、周边湖泡来水及区内的天然降水、前郭灌区排水、霍林河来水、深重涝区排水等。湖区多年平均来水量为5.66×108m3,年季变化较大，特别是霍林河干流，在1957～1998年的42年中有连续20年径流接近为零。区域径流可利用水量为3.56×108m3。